A Mesa Administrativa é responsável pela supervisão da administração da Santa Casa de Araçatuba. A composição da Mesa é definida através de eleição, realizada entre os vinte e cinco Irmãos Definidores, que realizam a escolha num processo de votação, desenvolvido a cada dois anos. Sua estrutura de funcionamento se baseia no gerenciamento total das atividades exercidas na entidade. O trabalho é centrado na captação e quilíbrio das finanças, e, ao mesmo tempo, é um compromisso contínuo de aprimoramento constante da qualidade dos serviços oferecidos aos pacientes.